国税12366答：《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》规定，中国境内企业和非居民企业签订与利息、租金、特许权使用费等所得有关的合同或协议，如果未按照合同或协议约定的日期支付上述所得款项，或者变更或修改合同或协议延期支付，但已计入企业当期成本、费用，并在企业所得税年度纳税申报中作税前扣除的，应在企业所得税年度纳税申报时按照企业所得税法有关规定代扣代缴企业所得税。
因此，你公司尚未支付的商标使用费如果已计入企业当期成本、费用，则应全额扣缴企业所得税。如果未计入企业当期成本、费用，则无需扣缴企业所得税。
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