吉布提国土面积虽小,但境内地形复杂。全境大部分为火山岩物质的高原山地,沿海多为平原和高原,内地以高原和山地为主。塔朱拉湾呈楔形在亚丁湾深入内地,将国土分成南、北两个不同的部分。在塔朱拉湾以北地区,分布着多重山脉。只有在曼德海峡与塔朱拉湾沿岸之间延伸着一条狭窄的平原带,但多为沙漠。在内陆的北部和中部,纵横着一些西北-东南走向的山脉和凹地,其间点缀有平原、河流和湖泊。湖泊中的阿萨尔盐湖(Lac Assal)和阿劳勒湖(Lac Allols)都低于海平面,其中阿萨尔湖面低于海平面155米,是非洲最低点。沿海平原与凹地之间是陡峭的高原和山地,一般海拔800米左右。西北部与埃塞俄比亚分界的穆萨阿里山(Moussa Ali)海拔2021米,为全国最高点。塔朱拉湾以南地区,多为高原山地,海拔500-800米。