1、主体不同。公司合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。公司合并要由参加合并的各公司作出决议，要有合并各方公司签订协议。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。2、效力不同。公司合并的效力使公司实体发生变化，吸收合并中，被吸收的公司解散，丧失法律人格，并入存续公司。新设合并中，各方都解散，丧失法律人格，新设公司取代合并各公司。收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。收购方成为目标公司的唯一股东，目标公司作为收购方的全资子公司而存在。3、权利义务的承担不同。公司合并中解散公司的权利义务由合并后存续公司和新设公司承担，公司收购中，目标公司本身未发生变化，并未丧失法律人格，其权利义务由目标公司自身承担。4、控制程度不同。公司合并中，被并公司完全并入存续公司或新设公司，后者取得被并公司的全部财产、权利义务，被并公司作为存续公司、新设公司的一部分而完全受其控制。股权收购中，收购方既可以收购目标公司的全部股份，进而完全控制目标公司，也可以只收购的目标公司50%以上的股份，而取得对目标公司的控制权，实现拥有控制权下的合资经营。5、程序和法律适用也不同。
一、如何收购一家公司
收购公司一般分为三种情况，即股权收购、整体收购、资产收购。
（一）股权收购
股权收购是指以目标公司股东的全部或部分股权为收购目标的的收购。收购股权就是一个企业把另一个企业的股权投资转让给第三个企业，最终结果是，被收购方只是股权结构发生变化，依然拥有独立法人资格，它是企业重组的形式之一。股权收购中过程，影响最大的是目标公司的其他股东。
（二）整体收购
整体收购，是指企业以资产为基础，确定并购价格，收购企业拥有目标公司的全部产权的并购行为。因此，整体收购公司的后果是收购方吞并目标公司的全部，在完成收购流程后，目标公司不复单独存在，成为收购方的一部分，所有经营权、控制权、支配权由收购方掌握。但是这种收购方式，可能存在的风险最大，因为会涉及到企业的债权债务问题，如果稍有大意，不做尽职调查，可能会对收购方造成一些不必要的损失。
（三）资产收购
资产收购是指一家公司以有偿对价取得另外一家公司的全部或者部分资产的民事法律行为。资产收购和公司整体收购最大的不同是，资产收购不包括目标公司的负债，且双方都保持自己的独立法人资格。需要注意的是，资产收购的范围包括有形资产和无形资产，如现金、设备、专利、技术等。
【本文关联的相关法律依据】
我国《公司法》规定：
第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十四条
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
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