A、牛、蜗牛、水稻、绿藻都具有DNA，不能通过有无DNA进行分类，故符合题意；
B、牛属于脊椎动物，蜗牛属于无脊椎动物中的软体动物，它们二者的不同是体内有无脊椎骨，所以有无脊椎骨牛和蜗牛的分类依据，故不符合题意；
C、水稻属于种子植物，能产生种子，绿藻不能产生种子，它们二者的不同是能否产生种子，所以有无种子是水稻和绿藻的分类依据，故不符合题意；
D、在生态系统中牛属于消费者，水稻是生产者，所以是否属于生产者是牛和水稻的分类依据，故不符合题意．
故选：A．
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