一般而言，愈伤组织的形成要经过启动期、分裂期和分化期三个阶段：①启动期又叫诱导期，是成熟组织在各种刺激因素（如外源激素）的诱导作用下细胞内蛋白质及核酸的合成代谢迅速加强的过程。
此期细胞外观上虽无明显变化，但细胞内一些大分子代谢动态已发生明显改变，如细胞质增加、淀粉等贮藏物质消失，为进入细胞分裂期的DNA复制奠定了基础，最常用的是生长素类和激动素类。
②分裂期的主要特征是细胞数目的增殖、结构疏松、缺少有组织特征的结构，一般呈现透明状或浅颜色。
③分化期的细胞出现了形态和生理功能上的分化，直至出现分生组织的瘤状结构及维管组织。此时，细胞呈现的颜色多种多样，旺盛生长的愈伤组织呈奶黄色或白色，具有光泽，有的呈浅绿色或绿色，而老化的愈伤组织则呈黄色甚至褐色，活力减退。
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