外观
两款手机都提供 4 个颜色可选：金色、玫瑰金色、银色和深空灰色。iPhone SE 背面印有“SE”字样，而 iPhone 6s 则是对应的“s”字样。iPhone SE 后壳依然采用玻璃 金属材质，而 iPhone 6s 则是一体成型的铝合金机身。
屏幕
屏幕方面，iPhone SE 配备了 4 英寸的 Retina 显示屏，分辨率达到 1136 x 640，ppi 为 326。而 iPhone 6s 则搭配了 4.7 英寸的显示屏，分辨率达到 1334 x 750，ppi 同样为 326。不过 iPhone 6s 的屏幕色准更准确，对比度达到 1400：1，而 iPhone SE 则为 800：1。两块屏幕的最高亮度都可以达到 500 cd/m2，全 sRGB 标准以及抗指纹抗油污涂层。当然 iPhone 6s 还支持 3D Touch，而 iPhone SE 则不支持。
芯片
iPhone 6s 和 iPhone SE 均搭载了 64 位的 A9 芯片以及 M9 协处理器，不过究竟两款 A9 芯片是否完全一样，目前还无法下定论。
相机
iPhone 6s 和 iPhone SE 的主摄像头均为 1200 万像素，光圈为 f/2.2，单个像素尺寸为 1.22 微米。
电池
iPhone SE 电池容量为 1642mAh，iPhone 6s 为 1715mAh，但 iPhone SE 续航稍好于 iPhone 6s。
另外，iPhone SE 没有气压计传感器，也不支持广视角的双域像素（影响可视角度）。
就性能和使用性来讲，6s相对较好一点，仅供参考。
iPhoneSE是苹果为了照顾那些酷爱小尺寸手机的用户推出的，屏幕只有4英寸，可以看做是iPhone 5 S和iPhone 6的结合体,支持全网通。。
配置方面，iPhoneSE将搭载A9处理器，内置2GB内存，摄像头也是1200万像素，除了屏幕之外其余配置几乎和iPhone 6 S一模一样。
iPhoneSE有四种颜色，容量则有16/64GB两种，中国首发,该机的背部和iPhone 6 S类似，但新增了黑色版，黑色版背部为纯黑，并没有大白带。
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