在细胞培养液中加入模拟核苷酸EdU （比较老的方法也可以用BrdU）。培养一小时 后，更换为正常的培养液继续培养。模拟核苷酸可以像天然核苷酸一样被细胞摄取并整合入新合成的DNA。
培养一段时间后（一般小于一个细胞周期），固定细胞。根据所使用模拟核苷酸的不同，使用不同的方法。EdU，改变缓冲液的pH值，就会发出荧光。而BrdU则需用荧光抗体识别，需要对细胞膜和核膜进行通透处理。
再加入PI对DNA染色。
在二维坐标图上，横坐标设为线性PI荧光强度，纵坐标设为模拟核苷酸的荧光强度（log）。
典型的图就像下面一样：
G1, G2 和S期就按照图中的划分来做。G1期的细胞没有新合成DNA，所以BrdU信号是阴性，而PI的信号位于1倍体期。S期是正在合成DNA，所以BrdU都是阳性。G2期是已经合成好了2倍的DNA，所以位于2倍体期，信号是G1期的一倍。这个图中，G1 PI信号是300， G2就是600.
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