我国有机食品的认证机构有国家环境保护总局有机食品发展中心，是目前国内有机食品综合认证的权威机构。另一家是中国农业科学院茶叶研究所，是目前茶叶行业认证的权威机构等。此外，也有一些国外有机食品认证机构在我国发展有机食品的认证工作，如德国的BCS。有机食品的认证可按下列6个环节进行：
（1）提出申请，填写申请表；（2）填写调查表并提供有关材料；（3）认证机构审查材料并派遣检查员实地审查（包括产品抽样）；（4）检查员将实地检查报告报送颁证委员会；（5）颁证委员会根据综合材料进行评审，评审结果为：同意颁证，转换期颁证或有条件颁证，不能颁证。
（6）签定标志使用合同并颁证。
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