一是责任范围的划分机制。河湖管理保护是一项复杂的系统工程。在划分、确定河长职责范围的过程中，要充分遵循河湖自然生态系统的规律，忌一河多策；要把握河流整体性与水体流向，忌多头管理。要注重河流的整体属性，遵循河流的生态系统性及其自然规律。制定流域环境保护开发利用、调节与湖泊休养生息规划，合理分配流经区域地方政府的用水消耗量和污染物排放总量，实现发展与保护的内在统一。要合理设置断面点位。目前河长职责范围的确定以断面点位为依据，而断面点位的设置、划定基本是以各行政区域的交界处划分的。这种划分方式对上下游、左右岸管辖问题考虑较多，对水流变化等原因则考虑较少。笔者认为，断面点位设置要在统筹流域水系的基础上，充分考虑水流变化和流域工农业发展实际，合理划分河长们的职责范围。
二是治理目标的细化机制。在强化河长问责的同时，要细化治理目标，根据不同河湖、不同河段存在的问题，逐年确定分流域、分区域的年度目标，制定差别化的水污染防治计划，建立差异化的评价考核体系。各地要对辖区内的工业、城镇生活、农业、移动源等各类污染源开展调查，通过污染物统计监测，核实区域污染物排放总量，摸清水污染底数。要根据“水十条”对区域内各类水体水质开展生态监测，逐一排查达标情况。对江河湖库生态环境开展安全评估，对沿江河湖库工业企业、工业集聚区环境和健康风险进行评估。要开展水环境专项整治，在严厉打击环境违法行为的同时，深入调查辖区入河排污口情况，全面统计、清理非法或设置不合理的排污口。要对水环境管理实行统一监测、统一执法。在对河湖流域管理中，要通过开展联合监测、统一检测方法等方式，确保河长们履职考核的公平性。要对黑臭河状况调查摸底，分析形成原因，找出污染源头，制定对策。
三是资金使用的管理机制。黑臭河整治、污水处理设施建设、水生态修复等水环境治理工程势必投入大量资金。因此在资金分配使用上，要建立严格的管理制度，确保资金安全。要建立水环境治理的专项资金账户，建立资金报批制度，建立资金规范运作制度，建立资金使用监管制度。财政部门及时将专项资金使用、考核、验收等情况，在政府网站和公示栏予以公示，便于公众监督。
四是协调沟通的联席机制。各级河长办公室要建立完善的信息交流、沟通、协调机制。对上级河长，要定期报告河湖管理、水环境治理目标任务进度等情况，落实上级政府水资源保护各项调控政策，执行水污染防治统一组织开展的各项专项行动；对下级河长，要定期督察水环境治理目标任务落实情况和河长履职情况，做好行政区域与行政区域之间、河段与河段之间无缝对接，及时消除同级河长间的“真空地带”、“三不管地区”；本级河长办公室要根据辖区的水环境污染状况，研究、制定整治方案，落实治理任务，组织开展水污染防治联合执法行动，切实改善区域环境质量。
五是生态资金的横向补偿机制。国家提出全面推行河长制，就是把生态自然资源利用过程中产生的社会成本，用行政手段实现内部化。通过行政权力分割，通过考核问责，解决上下游、左右岸的水环境治理成本外部性问题。笔者认为，在强化河长责任考核的同时，还需完善生态资金补偿机制。一个是纵向补偿，对那些为了保护生态环境而丧失许多发展机会、付出机会成本的地区，提供自上而下的财政纵向生态补偿资金，确保区域环境基础设施建设。另一个是横向补偿，即根据“谁污染，谁治理”、“谁受益谁补偿，谁污染谁付费”的原则，对上游水质劣于下游水质的地区，通过排污权交易或提取一定比例排污费，纳入生态建设保护资金，补偿下游地区改善水环境质量。
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