2007年,鉴于厦门高崎机场以及泉州晋江机场两个闽南地区的航空枢纽都行将饱和并且难以扩建(均已被市区建筑包围)的情况,福建省政府决定在闽南地区修建一个新的大型机场以满足日益增长的航空旅行需求。初始规划为一期设计3000万年旅客流量,二期建成后达到设计流量6000万。由于对厦门以及闽南地区航空旅客预估不准确(大幅偏低),机场容量后来屡次修改。
2007年7月,新机场选址工作开始,分别有位于厦门漳州泉州三地共五处地点被纳入考虑范围。后经反覆论证认定厦门翔安区大嶝岛附近净空条件较好,并且噪音影响较小,是最佳的地点。
2011年,翔安区大嶝岛厦门新机场选址附近海域进行退养等填海前的准备工作,并且开始机场用地的土地徵收工作。
2013年3月,有媒体报导传出厦门翔安机场将与台湾(主要是澎湖金马地区)共用的消息。厦门市长刘可清后在北京向记者澄清不会共用,但表示未来台湾民众到厦门乘机也会很方便。机场设计规划团队访问金门时曾表示在机场技术以及空间容量上会给台湾乘客来此乘机、转机预留空间,待两岸在政治上有所突破时,台湾乘客可以很方便地到厦门机场乘机。
2013年7月,厦门翔安机场《总体规划》送交中国民航局华东管理局以及空军南京军区进行审批。
2013年12月,福建省海洋与渔业厅提交的《关于报请审批大嶝航空城基地二期工程海域使用申请的请示》,获得省政府同意,厦门翔安机场以及配套航空城项目的填海工作正式开始实施。
2014年,机场高速路项目开始施工。