①土壤微生物的形态、 分类、 生理类群、以及土壤微生物资源的开发和利用；
②土壤因素对土壤微生物类群的分布、发育状况以及各类群之间的关系（互利促进或拮抗抑制）；
③微生物对土壤中各种物质的转化，包括有机物质的分解、营养元素的转化、土壤中新的有机质的合成以及土壤理化性质的改变；
④植物根系对微生物发育和活动的影响、微生物活动对植物营养、生长的利弊（见根际微生物）；
⑤土壤微生物和其他生物分泌的各种外酶和这些生物死亡自溶后释放的内酶，对土壤中各种物质转化的活性以及对土壤性质的影响；
⑥土壤微生物对污物、污水的净化，对有机农药残毒的降解以及土壤保健的作用；
⑦土壤微生物在厌气性分解有机物质中产生沼气的过程。
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