对生态旅游区进行功能分区时，主要有以下原则：
（1）基于区域内不同环境背景所能承受的干扰程度和适宜性原则进行分区。这一原则可实现重点对象保护与游客需求满足的协调。目前，已普遍被用于以自然保护区为生态旅游开发对象的区域，分区模式包括同心圆模式、三圈层、四区块和五圈层模式。
（2）基于区域生态环境现状和资源价值不同的原则进行分区。按照这种分区原则可以分为开发区、科研区、治理区和监测区。
（3）基于区域内植被景观特征与其所能赋予不同的情调为原则进行分区。不同的植被景观可赋予游客不同的生态回归情感，如亲近自然与回归自然。
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