动物、人、真菌、和大多数细菌的细胞中的线粒体合成ATP的能量来自于呼吸作用，对于绿色植物来说，合成ATP的能量来源是呼吸作用和光合作用。合成的ATP用于细胞的各种生命活动。如用于细胞的主动运输，用于生物发电、发光，用于肌细胞收缩，用于各种吸能反应，用于大脑的思考等。
细胞内合成ATP的化学反应主要有两种：底物水平磷酸化和氧化磷酸化
在线粒体中完成的ATP合成 主要是有氧呼吸的第二阶段反应，通过氧化磷酸化反应完成，具体的反应是利用第一阶段糖酵解及后来的三羧酸循环中产生的NADH和FAD，在线粒体中，通过一系列的酶的作用，完成电子传递，使线粒体膜内外形成电化学梯度，电子传递过程与偶联ADP磷酸化过程，从而使电子传递产生的能连储存在ATP中
至于APT的利用，发生在各个生命活动过程中，运动，代谢等等
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