医院设有内科、外科、妇科、产科、儿科、康复科、针灸推拿科、骨伤科、肛肠科、口腔科、急诊医学科、眼科、耳鼻喉科等20多个临床科室。有广东省中医特色专科（针灸推拿科、中医骨伤科、中医老年病专科）3个、深圳市中医特色专科（中医妇科）1个 。
