该种与双穗麻黄E.distachya Linn最为近似，所以许多植物分类学工作者对二者分合常有不同看法。经对比欧洲和亚洲的标本后，二者仍有一定区别：草麻黄的叶一般具较长的裂片，裂片先端细窄而尖；球花的苞片仅具极窄的膜质边缘；珠被管具较短的裂口，裂口占全长的1/4-1/2；分布主要在中国北部各省。而双穗麻黄的叶裂片一般较短，裂片先端较钝；球花的苞片常具较明显的膜质边缘；珠被管的裂口较长，通常占全长的达1/2， 稀至4/5；主要分布于欧洲东南部。
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