截止2014年，保护区已知野生动物种类有动物近3000种，其中兽类69种，鸟类191种另4亚种，两栖爬行类75种，鱼类48种，陆栖寡毛类211种，昆虫类2000余种。列为国家保护的野生动物有35种，其中一级保护动物有黔金丝猴、豹、白颈长尾雉等6种，二级保护动物有大鲵、穿山甲、猕猴、黑熊、红腹角雉等29种。特别是黔金丝猴，是第三纪遗留下来的中国特产动物，野外种群数量只有750只左右，仅分布在梵净山保护区内，是中国特产的三种金丝猴种数量最少、分布最窄、濒危度最高的一种，被国际贸易公约列为濒危度最高级别保护动物,是世界的“瑰宝”。
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