男女两性的生殖器官是来自同一组来源。
在受孕几周后，男女两性的胚胎其生殖器官在解剖学上都一样（虽然其性染色体不同），基本上类似女性的生殖器官，拥有一对“泌尿生殖皱折”，中间有一小隆起物，隆起物后有尿道。另外还有一对生殖腺位于体内。
在一般人类胚胎的发育过程中，（位于雄性染色体的）SRY基因会使生殖腺发育为睾丸，没有SRY基因生殖腺则会发育为卵巢。在此之后，内生殖器与外生殖器的发育是由某些胚胎生殖腺分泌的荷尔蒙决定。如果生殖腺发育为睾丸，而睾丸分泌睾脂酮，而且细胞也对睾脂酮有反应，则外侧皱折会肿起，中线会融合以形成阴囊。隆起物会长大变直形成阴茎，皱折内侧会包住阴茎，中线会融合以形成阴茎尿道。出生后睾丸会下降入阴囊。如果生殖腺发育为卵巢，另外一套过程会形成雌性内外生殖器。
以上一般过程中出现特殊变化，就会形成程度不一的雌雄同体现象。
之后在青春期，生殖器官还会有规模较小的发育。
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