A、RNA、DNA是生物大分子，需使用显微镜，需进行染色后才能观察，A错误；B、健那绿是活细胞染色剂，染色后细胞不死亡，B错误；C、绿藻细胞是真核细胞，与呼吸有关的酶分布在细胞质基质、线粒体基质和线粒体内膜上，C正确；D、酵母菌计数实验中，先盖盖玻片，再在盖玻片左端滴加培养液，然后用滤纸在盖玻片又断吸水，让其自行渗入，D错误．故选：C．
