两处加起来申报。
《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》
一、取得综合所得需要办理汇算清缴的纳税申报
取得综合所得且符合下列情形之一的纳税人，应当依法办理汇算清缴：
（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除后的余额超过6万元；
（二）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；
（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；
（四）纳税人申请退税。
需要办理汇算清缴的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；纳税人没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理纳税申报。
纳税人办理综合所得汇算清缴，应当准备与收入、专项扣除、专项附加扣除、依法确定的其他扣除、捐赠、享受税收优惠等相关的资料，并按规定留存备查或报送。
扩展资料
《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》
二、取得经营所得的纳税申报
个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人取得经营所得，包括以下情形：
（一）个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得；
（二）个人依法从事办学、医疗、咨询以及其他有偿服务活动取得的所得；
（三）个人对企业、事业单位承包经营、承租经营以及转包、转租取得的所得；
（四）个人从事其他生产、经营活动取得的所得。
纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或季度终了后15日内，向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》。在取得所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》；从两处以上取得经营所得的，选择向其中一处经营管理所在地主管税务机关办理年度汇总申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（C表）》。
三、取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的纳税申报
纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，应当区别以下情形办理纳税申报：
（一）居民个人取得综合所得的，按照本公告第一条办理。
（二）非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得的，应当在取得所得的次年6月30日前，向扣缴义务人所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。有两个以上扣缴义务人均未扣缴税款的，选择向其中一处扣缴义务人所在地主管税务机关办理纳税申报。
非居民个人在次年6月30日前离境（临时离境除外）的，应当在离境前办理纳税申报。
（三）纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得的，应当在取得所得的次年6月30日前，按相关规定向主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。
税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
四、取得境外所得的纳税申报
居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向中国境内任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；在中国境内没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或中国境内经常居住地主管税务机关办理纳税申报；户籍所在地与中国境内经常居住地不一致的，选择其中一地主管税务机关办理纳税申报；在中国境内没有户籍的，向中国境内经常居住地主管税务机关办理纳税申报。
纳税人取得境外所得办理纳税申报的具体规定，另行公告。
五、因移居境外注销中国户籍的纳税申报
纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在申请注销中国户籍前，向户籍所在地主管税务机关办理纳税申报，进行税款清算。
（一）纳税人在注销户籍年度取得综合所得的，应当在注销户籍前，办理当年综合所得的汇算清缴，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。尚未办理上一年度综合所得汇算清缴的，应当在办理注销户籍纳税申报时一并办理。
（二）纳税人在注销户籍年度取得经营所得的，应当在注销户籍前，办理当年经营所得的汇算清缴，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》。从两处以上取得经营所得的，还应当一并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（C表）》。尚未办理上一年度经营所得汇算清缴的，应当在办理注销户籍纳税申报时一并办理。
（三）纳税人在注销户籍当年取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得的，应当在注销户籍前，申报当年上述所得的完税情况，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。
（四）纳税人有未缴或者少缴税款的，应当在注销户籍前，结清欠缴或未缴的税款。纳税人存在分期缴税且未缴纳完毕的，应当在注销户籍前，结清尚未缴纳的税款。
（五）纳税人办理注销户籍纳税申报时，需要办理专项附加扣除、依法确定的其他扣除的，应当向税务机关报送《个人所得税专项附加扣除信息表》《商业健康保险税前扣除情况明细表》《个人税收递延型商业养老保险税前扣除情况明细表》等。
六、非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的纳税申报
非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月15日内，向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。
七、纳税申报方式
纳税人可以采用远程办税端、邮寄等方式申报，也可以直接到主管税务机关申报。
八、其他有关问题
（一）纳税人办理自行纳税申报时，应当一并报送税务机关要求报送的其他有关资料。首次申报或者个人基础信息发生变化的，还应报送《个人所得税基础信息表（B表）》。
（二）纳税人在办理纳税申报时需要享受税收协定待遇的，按照享受税收协定待遇有关办法办理。
参考资料来源：国家税务总局-关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告
简单来说，一个人在两家公司拿工资，应该由两家公司每月分别预扣预缴个税，然后，纳税人在次年3月至6月内办理个税汇算清缴即可。
结合你的问题，答案为：你公司老板每月在两公司分别领取工资3000元，那么，你公司只需每月按3000元申报个税即可，另外3000元由另一家公司申报。
51个税表示，根据新个税法等政策规定：
居民个人取得两处以上工资、薪金所得的，对于各个支付所得的企业或其他组织，只需按照《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第61号）的规定，各自按照累计预扣法预扣预缴个人所得税即可。
需要注意的是：
居民个人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。
如果居民个人纳税人同时有多个专项附加扣除项目的，既可以选择在一处全部扣除，也可以将不同的扣除项目由不同的扣缴义务人扣除。
对于选择不同扣缴义务人扣除不同项目的，纳税人只能通过填报电子模板的方式申报专项附加扣除信息。
此外，扣缴义务人分别预扣预缴税款时，对于纳税人来说，其基本扣除费用（全年6万元，按5000元每月累计扣除）会出现重复扣除的情形，对于居民个人的这种重复扣除基本减除费用的情形，也因居民个人取得综合所得按年综合申报制度，不需要在次月十五日内予以申报调整。
应按照新个税法规定，在次年3-6月份判定是否符合个人所得税汇算清缴条件，符合条件的应依法汇算清缴并补缴税款。
根据《个人所得税法实施条例》第三十六条第二款规定，从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的;应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报。
《个人所得税法》第八条规定，个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其它情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。
《国家税务总局关于印发〈个人所得税自行纳税申报办法(试行)〉的通知》(国税发[2006]162号)第二条规定，凡依据个人所得税法负有纳税义务的纳税人，有下列情形之一的，应当按照本办法的规定办理纳税申报：
(二)从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的;
第十条规定，年所得12万元以上的纳税人，纳税申报地点分别为：
(二)在中国境内有两处或者两处以上任职、受雇单位的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。
因此，从中国境内两处取得的工资、薪金所得，应当按照规定选择并固定在任职、受雇的一地单位所在地主管税务机关自行办理纳税申报，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。具体计税方法，参考《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》(国税发〔1994〕89号)第三条关于在外商投资企业、外国企业和外国驻华机构工作的中方人员取得的工资、薪金所得的征税的问题规定：
(一)在外商投资企业、外国企业和外国驻华机构工作的中方人员取得的工资、薪金收入、凡是由雇佣单位和派遣单位分别支付的，支付单位应依照税法第八条的规定代扣代缴个人所得税。按照税法第六条第一款第一项的法规，纳税义务人应以每月全部工资、薪金收入减除法规费用后的余额为应纳税所得额。为了有利于征管，对雇佣单位和派遣单位分别支付工资、薪金的，采取由支付者中的一方减除费用的方法，即只由雇佣单位在支付工资、薪金时，按税法法规减除费用，计算扣缴个人所得税;派遣单位支付的工资、薪金不再减除费用，以支付全额直接确定适用税率，计算扣缴个人所得税。
上述纳税义务人，应持两处支付单位提供的原始明细工资、薪金单(书)和完税凭证原件，选择并固定到一地税务机关申报每月工资、薪金收入，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。具体申报期限，由各省、自治区、直辖市税务局确定。
(二)对外商投资企业、外国企业和外国驻华机构发放给中方工作人员的工资、薪金所得，应全额征税。但对可以提供有效合同或有关凭证，能够证明其工资、薪金所得的一部分按照有关法规上交派遣(介绍)单位的，可扣除其实际上交的部分，按其余额计征个人所得税。
参考该文件的规定，任职、受雇的单位可由支付者中的一方减除费用的方法计算。
例如从A单位取得8000元(选择其为扣除费用方及所在地主管税务机关为申报汇缴机关)，从B单位取得10000元。
那么，A单位扣缴个人所得税：(8000-3500)×10%-105=345(元)。
B单位扣缴个人所得税：10000×25%-1005=1495(元)。
该个人选择到A单位所在地主管税务机关申报汇总纳税：
(8000+10000-3500)×25%-1005=2620(元)。
应补个人所得税：2620-345-1495=780(元)。
你公司按3000元（你公司支付的部分）申报即可
不是你公司发放的薪金你公司并不是代扣代缴责任人
一个人两个地方取得收入的个人所得税由其个人在下年初到税局自行申报
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