轩辕剑的由来的话，在轩辕剑5里面有了很好的诠释，轩辕剑是神和人还同时存在于地上的时期，天女爱上了人类黄帝，而黄帝当时有一个最大的敌人蚩尤，黄帝迟迟无法打败蚩尤，天女于是偷了天帝的宝剑给了黄帝，黄帝借着宝剑的力量打败了蚩尤，并且把蚩尤的部下赶到了另外的一个世界，也就是山海界。后来天女和黄帝结合在一起并且共同将宝剑锻造成一把真正属于黄帝的兵器，这就是轩辕剑。而由于天女是主司灾难的神，有天女在的地方，就有天灾，就会带来人类的死亡，爱民如子的黄帝在明白了这一点之后，经过挣扎最后做出了一个决定，将天女一并放逐至山海界。而到了山海界的天女，受到了全体蚩尤人民的报复，蚩尤四个部下青龙白虎朱雀玄武将天女封印起来，受到了无穷无尽孤独的痛苦。而黄帝也因此触怒了天帝，被天帝永远拘禁在敦煌之壁。黄帝在背拘禁的过程之中将自己对天女无尽的思念与痛苦以诗的方式刻在了轩辕剑之上。
而轩辕剑最终则转世为人，皇甫朝云，皇甫暮云，汉之云和云之遥则是一段关于他们的剧情，这里省去，最终朝云暮云合为一体，而残存的作为轩辕剑的记忆驱使他最后去到山海界，解开封印见到了天女。天女带着无尽的仇恨试图报复人界，让人界毁灭，让黄帝尝到子民灭亡的痛苦。而暮云最终选择毁灭自己的肉身，变回最初的那把轩辕剑。天女也因此看到了黄帝刻在了剑身上的诗，感受到黄帝的无奈和对她深深的爱。最终天女选择自己回到封印之中，与黄帝一并承受永世拘禁的痛苦。而轩辕剑则以剑的形态回到人界，至今还没再次转世为人。
这就是整个轩辕剑的故事，附上黄帝写的诗：
雾 依稀掩月明 叶 寒秋自飘零
霜 已寒却汝剑 泪 相映成冰
锋 曾共舞若龙 眸 昔流转如云
愿 故人再梦回 举觞 同饮
天重重 云茫茫 梦悠悠 忆沧沧
永世隔 怎能忘 千古怅 独低尝
萤 群耀如繁星 夜 独落寞孤影
盼 故人再梦回 重温 挚梦
岭重重 水茫茫 心悠悠 思沧沧
云之涯 君可在 徒落寞 望穹苍
星 群闪耀如萤 月 低垂映只影
愿 故人再梦回 举觞 共饮
愿 故人再梦回 再温 昔情
游戏中也将此谱成曲，名叫《追昔》，由陈思涵演唱。十分传神的表达，值得一听。纯手打，往采纳。
轩辕剑，【传说中的神兵】，又名轩辕夏禹剑，是一把圣道之剑。由众神采首山之铜【为黄帝所铸】，后传与夏禹。剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。此剑后为商汤所得，大败上古三大邪刀。黄金色的千年古剑，传说是天界诸神赐于轩辕黄帝击败蚩尤的旷世神剑；其内蕴藏着无穷的力量，为斩妖除魔的神剑。
传说中，轩辕剑是一把黄金色的圣道千年古剑，是由众神采首山之铜所铸，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。天界诸神将此剑赐予轩辕黄帝击败蚩尤之旷世神剑，后传与夏禹。【其内蕴藏无穷之力，为斩妖除魔的神剑，为中华民族的象征。】
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