菌材是天麻的营养来源，培养菌材则把蜜环菌接种在木材上培养，菌材培养好了以后才能伴栽天麻。所以，菌材质量的好坏，关系到天麻栽培的成败和产量的高低。但在培养菌材时，常发现有杂菌感染，菌材一旦被杂菌感染，杂菌生长比蜜环菌快，往往会抑制蜜环菌的生长。用感染杂菌的菌材伴栽天麻，因蜜环菌生长不良，天麻块茎与蜜环菌结合较慢，机会也较少，不能与蜜环菌建立正常共生关系的块茎，只消耗自身营养，生长很慢，或再生少量细小幼麻，后来由于营养不良，小幼麻也逐渐腐烂。此外，杂菌也可能使天麻块茎感病而腐烂，因而大大降低天麻的产量。
培养菌材为什么常会有杂菌感染呢？因培养菌材不是在无菌的条件下培养，生产上主要在田间培养，在田间的自然条件下，各种杂菌很多，随时都可能侵染菌材。感染杂菌后又不能用农药对其进行消毒处理，因药剂不但会杀死杂菌，还会把蜜环菌也杀死，目前还没有研究出只针对杂菌，而不妨碍蜜环菌生长的药剂。特别是菌材窖内过干、过湿或通气不良，都会引起杂菌的滋生。杂菌生长较快，当杂菌占了优势时，就会抑制蜜环菌的生长。
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