1、A单位为一般纳税人企业，支付咨询费100万元取得增值税专用发票可以抵扣。
2、B单位咨询类企业如果是一般纳税人，增值税税率6%，如果是小规模纳税人税率3%。咨询类企业可供抵扣的进项税本来就不多，没有足够的进项税抵扣，只能按照规定交纳增值税及其附加税。
3、做为进项税较少的咨询类企业，小规模纳税人是税率3%是比较合算，但咨询类企业小规模纳税人连续12个月的销售额超过80万应转为一般纳税人，即使开具100万的增值税发票，连续12个月销售额超过80万的部分应按照一般纳税人税率6%计征增值税。如果是一般纳税人咨询类企业，所有的销售额都应该按照6%计征增值税。
问题1对于B单位当然是销售税，问题3，小规模纳税人增值税率3%，不能进项税抵扣。一般纳税人可以，问题2，一般纳税人进项税不足，那交增值税了。
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