根据上述职责，南宁市住房保障和房产管理局设13个内设机构：
（一）办公室
负责综合协调、会务、文秘、档案、机要等机关日常工作及对外联络工作；承担综合性宣传、政务公开、政务信息、保密、督办、信访、提案和议案办复等政务性工作；负责保卫、绿化、扶贫、综治、维稳、计生、后勤保障、固定资产管理等事务性工作。
（二）政策法规科（行政审批办公室）
组织起草住房保障和房产管理相关地方性法规和政府规章草案；承担重大决策的合法性论证、规范性文件的合法性审查、对外合同（协议）的法律审核工作；承办行政处罚、行政复议、行政诉讼等工作；负责行政执法监督、行政执法队伍建设、普法宣传教育等工作；指导所属单位依法行政工作；牵头负责行政审批工作。
（三）房产信息管理科
组织实施住房保障和房产管理信息化及办公自动化建设工作，协调实施信息资源共享；牵头负责房产行业诚信系统建设；负责房产市场数据统计、整理和发布工作；负责房地产市场预警预报工作，实施房地产市场动态监测和分析。
（四）住房规划科
负责房地产行业发展研究；牵头组织草拟全市房地产综合开发、住宅建设、住房保障的发展规划以及年度计划；负责全市住房状况调查、分析工作；牵头负责住房保障数据信息统计工作；牵头组织房地产行业统计工作；参与拟订年度城市国有土地使用权出让计划；组织房地产业招商引资工作；协调落实房地产固定资产投资任务；组织指导房产行业科技研究开发、合作交流及成果推广应用；负责推进和综合协调住宅产业现代化、生态环保化、节能集约化发展。
（五）保障住房建设管理科
负责保障性住房建设项目的前期工作；负责监督保障性住房项目建设条件意见书以及配套设施建设情况的落实；参与监督所属单位建设工程的技术、质量等工作；负责指导直管公房改造开发工作。
（六）保障住房审核租赁管理科（市落实私房政策办公室）
负责建立和完善全市住房保障体系；负责保障性住房供应对象的资格审批和动态管理；负责廉租住房、公共租赁住房、直管公房的资产管理和租赁管理工作；负责各类房源的调剂工作；参与拟订保障性住房租金标准；负责指导廉租住房、公共租赁住房等保障性住房和直管公房日常维修工作；负责落实私房政策；指导全市公有住房租赁管理工作。
（七）保障住房销售管理科
指导监督全市各单位贯彻执行住房政策；负责监督管理单位公有住房出售及危旧房改房改造；负责单位集资合作建房和房改资金的审核等管理工作；负责保障性住房和政策性住房的销售管理工作；负责拟订保障性住房出资比例、回购保障性住房等工作；负责保障性住房储备工作；参与经济适用住房等保障性住房和政策性住房销售价格确定；承担南宁住房公积金管理委员会的日常工作。
（八）房地产开发监管科
负责房地产综合开发全过程的动态监管；负责房地产开发企业资质管理；牵头编制房地产项目建设条件意见书并监督实施；负责组织签订房地产项目开发监管协议书；负责组织验核房地产项目配套建设（工程质量除外）；牵头监督、指导房地产项目交付使用并实施备案；对房地产开发项目手册进行备案管理；负责商品房预销售款拨付的审核；负责实施房地产开发项目资本金管理制度；负责普通商品住宅审核认定；负责测算限价普通商品房销售价格；参与拟订城市国有土地使用权出让方案。
（九）房屋登记和市场交易监管科
负责组织协调和落实有关房地产市场调控政策；负责组织实施房地产市场秩序整治工作；负责全市房屋（含集体土地上的房屋）的权属登记管理工作；负责全市房屋权属档案管理工作；负责房屋测绘管理工作；负责房屋买卖合同登记备案和房屋租赁合同备案；负责监管房地产转让、抵押等交易行为；负责监管房地产中介（评估、经纪、咨询等）机构的从业行为；参与商品房价格管理；参与城市国有土地使用权有偿转让、抵押、出租等土地二、三级市场的管理。
（十）物业服务和房屋安全监管科
负责物业服务企业服务行为的监督管理；组织实施物业管理项目的服务等级评定，指导全市物业服务项目的创优考评活动；负责指导、监督物业服务招投标活动；负责物业服务区域划定，物业服务用房备案工作；参与房地产项目交付使用监督；负责指导和监督全市依法交付使用房屋安全管理工作；负责指导全市房屋安全鉴定、白蚁防治；负责拟订全市房屋安全鉴定、白蚁防治技术标准并指导、监督实施；负责住宅室内房屋装饰装修管理；负责所属单位安全生产管理和事故防范工作；参与全市房屋安全事故调查处理工作。
（十一）房产资金监管科
负责指导全市房产交易资金、物业专项维修资金、房改资金等房产资金的归集、使用，并实施监管；负责各类房产资金缴存比例、标准的动态调整；负责保障性住房资金筹集、使用、监管；负责指导保障性住房上市交易收益分配管理工作，负责住房建设保证金的监管。
（十二）财务科
负责编制机关、所属单位年度财务预、决算；负责机关日常开支、财务核算、国有资产管理和财务综合统计等工作；负责所属单位的审计工作；指导、监督所属单位的财务管理和国有资产管理工作。
（十三）人事科
负责机关、所属单位的机构编制、人事管理、干部教育培训工作；负责机关离退休人员管理，指导所属单位离退休人员管理工作；负责机关及所属单位的党群工作。
机关党组织 负责机关及所属单位的党群工作，具体工作由人事科承担。
纪检监察室 负责机关及所属单位纪检监察工作。
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