如果非要说有关系的话，那么这两者都属于银行系统，都主要是为了农村地区金融服务的。但并不是同一个银行。
村镇银行是指经中国银行业监督管理委员会依据有关法律、法规批准，由境内外金融机构、境内非金融机构企业法人、境内自然人出资，在农村地区设立的主要为当地农民、农业和农村经济发展提供金融服务的银行业金融机构。村镇银行的建立，有效的填补了农村地区金融服务的空白，增加了农村地区的金融支持力度。
农村信用合作社（Rural Credit Cooperatives，农村信用社、农信社）指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。农村信用社是独立的企业法人，以其全部资产对农村信用社债务承担责任，依法享有民事权利。其财产、合法权益和依法开展的业务活动受国家法律保护。其主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务。
关系不大，一般情况是没有关系的
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