我做过类似的课题，原因是很多的，简单讲几个吧。1、食品安全性，怕这类农作物被人类吃了之后产生未知的不良影响。2、生态安全性，怕这类农作物变异，变成绝对优势种，破坏生态稳定。3、最重要的：基因漂移。这是最可怕的，不可逆转的。比如说这颗玉米是转基因的，这颗的花粉飘到了别的非转基因上，无限扩大，结果基因全部被污染了，而转基因的物种是否能无限代繁殖还不知道，万一绝种了，人类赖以生存的东西就没有了。所以很多学者是从这点考虑的，怕打乱现有的基因库。
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