福州南站至厦门站动车沿福厦铁路运行，中途经过的动车组停靠办理客运的站点包括：福清站、涵江站（车次较少）、莆田站（绝大多数福厦、向莆动车都停靠）、仙游站（新近开通的预留站，目前车次极少）、惠安站（新近开通的预留站，目前车次极少）、泉州站（福厦动车几乎都停靠）、晋江站、厦门北站（虽然是大站，不过进厦门站的动车大多越行通过）。此外尚有渔溪和翔安两个尚未建设的预留站，以及动车组越行不办客的厦门高崎站。
福州到上海的动车依次经过以下站点：福州、宁德、福安、霞浦、福鼎、瑞安、温州南、台州、宁波、余姚北、绍兴北、杭州东、桐乡、嘉善南、上海虹桥。
同时也有福州南到上海虹桥或者福州到上海南的动车，建议个人根据所乘坐的车次进行查询。
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