由于次氯酸分子小,不带电荷, 可以顺利通过细胞质膜,不仅可作用于细胞壁，还能轻松地进入细胞内部,渗透菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应,破坏细菌的酶系统,阻碍细菌的新陈代谢,从而杀死病原微生物。而次氯酸钠在水溶液中主要以离子形式存在，还有少量水解产生的次氯酸分子，次氯酸根难以进入病原体内部无法杀灭病原体，只有少量次氯酸发挥灭菌作用。故而，次氯酸的杀菌效果更好。
次氯酸和次氯酸钠进行比较，杀菌效果肯定是次氯酸好，而且比次氯酸钠安全得多。次氯酸钠溶于水后杀毒的有效成分其实也是次氯酸。但是次氯酸的生成量很小。当然比起像CELA这种品牌次氯酸消毒液，84消毒液要便宜很多，所以他们的优缺点还得看应用场景。发挥他们的优点，摒弃缺点。
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