食用农产品质量安全不仅仅局限于微生物污染、生物毒、化学物质残留及物理危害，还包括如营养、食品质量、标签及安全教育等问题，大致包括兽药或农药残留超标、动物疫病、环境因素造成的有毒有害物质超标及人为的掺杂使假等几个方面。
农产品是经过农业生产活动所获得的产品，对农产品质量安全可能造成直接和长期的影响的危害因素主要包括:农业种养殖过程可能产生的危害，包括因投入品不合理使用造成的农药、兽药、渔药、添加剂等有毒有害物质残留污染，以及因产地环境造成的本底性污染和汞、砷、铅、铬、镉等重金属毒物和氟化物等非金属毒物;农产品包装储运过程可能产生的危害，包括贮存过程中使用的保鲜剂、催熟剂和包装材料中有害化学物等产品的污染，以及流通渠道中导致的二次污染;农产品自身的生长或发育过程中产生的危害，如农产品本身的天然毒素就是目前农产品所面临的危害之一;农业生产中新技术的应用产生的危害，主要是可能由于技术发展(转基因技术)或物种变异而带来新的危害。
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