发酵罐温度控制视设计不同，有夹套式和内盘管式两种。一般来说，夹套式的发酵罐内部清洗消毒简单，结构也简单，但换热效率稍低，能耗略高。内盘管式内部清洗消毒不易，但热效率高，能耗低。
发酵罐内物料灭菌不论是哪种结构的，在设计时就会考虑到内部灭菌时能否达到所需要的温度。而且物料各部位如果温度不同，物料自己会在里面翻滚运动，自己能平衡温度。当然，这需要时间。所以，如果是夹套式的，因为换热效率较低，灭菌时间要相应延长一点。
其实，发酵罐内上下各部位都有温度传感器，只要最下面的传感器温度达到灭菌温度了，时间也够了，就基本达到灭菌效果了。
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