自然科学基金泛指各国各地设立的为鼓励自然科学创新与发展而设立的基金项目。著名的有中国国家自然科学基金（National Natural Science Foundation of China）、美国国家科学基金（National Science Foundation, U S）、爱尔兰科学基金（Science Foundation Ireland）、捷克科学基金（Czech Science Foundation ）、欧洲科学基金（European Science Foundation）等。 在我国，一般特指中国国家自然科学基金。此外，各省区亦常有相应级别的自然科学基金设立。
自然科学基金按照资助类别可分为面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划、国家杰出青年科学基金、海外、港澳青年学者合作研究基金、创新研究群体科学基金、国家基础科学人才培养基金、专项项目、联合资助基金项目以及国际（地区）合作与交流项目等。通过亚类说明、附注说明还可将一些资助类别进一步细化。所有这些资助类别各有侧重，相互补充，共同构成当前的自然科学基金资助体系。
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