微生物分类的微生物的分类依据

（1）个体形态　镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物；放线菌和真菌的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。
培养特征
1）在固体培养基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性状（形状、光泽、透明度、颜色、质地等）；
2）在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况；
3）在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底有无絮状沉淀，培养液颜色等。 （1）能量代谢　利用光能还是化学能；
（2）对氧气的要求　专性好氧、微需氧、兼性厌氧及专性厌氧等；
（2）营养和代谢特性　所需碳源、氮源的种类，有无特殊营养需要，存在的酶的种类等。 RNA的碱基顺序由DNA转录来的，故完全具有相对应的关系。提取并分离细菌内标记的16SrRNA,以核糖核酸消化，可获得各种寡核苷酸，测定这些寡核苷酸上的碱基顺序，可作为细菌分类学的一种标记。
核糖体蛋白的组成分析
分离被测细菌的30S和50S核糖体蛋白亚单位，比较其中所含核糖体蛋白的种类及其含量，可将被鉴定的菌株分为若干类群，并绘制系统发生图。