拌料或发酵（图4-4）完毕即进行装袋与播种，播种量一般为15%～20%。
图4-4 平菇拌料现场
装袋时一层菌种一层料，稍短的袋子（立埋覆土栽培的）中间可只装一层菌种，较长的袋子中间应装2层菌种，两头再各播一层菌种。
新法播种：传统的播种方法，是在菌袋两头用菌种封口，以防止杂菌入侵定植。但这种方法菌种与薄膜直接接触，易受外界温度、光线的直接干扰，并常被袋口料膜的积水所影响。新法播种的要点是在两头的一层菌种上再加盖一层 0.5厘米左右的料，刚好把菌种盖住为宜。改进后，菌丝恢复生长快，能缓冲外界影响，防止表层过早老化结块，改善了料层内部通气性，加快了发菌速度，提早出菇。
播种时还要注意：菌种使用前要用手掰成手指头大小。菌种块过大，减小菌种与料的接触面积；过小，菌丝断裂程度过大，吃料能力减弱，菌丝连接困难。菌袋要达到合适松紧度。
装好的菌袋即置于选定场所进行发菌管理。发菌过程包括萌发期、定植扩展期、延深伸长期和菌丝体成熟期四个阶段。高温季节应置于通风良好、阴凉闭光的地方。堆码高度及排距要视气温及料温情况灵活调节，要注意检查，严防高温“烧菌”。如发生烧菌，应尽早倒袋降温，排出废气，给予补种。
当菌丝长满全部培养料后，还需继续生长，进一步浓白，称为“回菌”，一般需4～5天。尔后，菌丝停止生长并开始扭结形成原基。此时是菌丝阶段向子实体阶段转化的关键时期，管理重点是：①降低温度，增大温差（8～10℃）。低温刺激可促进原基形成，气温以20℃以下为宜；②增加湿度，空气相对湿度达85%以上。③增加光照。去掉遮荫物，用光抑制菌丝生长，促使菌丝扭结。
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