一般纳税人的增值税的缴纳采取销项抵扣进项的抵方法计算缴纳增值税，附加税没有抵扣的说法。在机构地申报增值税时，按照计算应纳增值税额抵减预交的增值税后的余额缴纳增值税，附加税税按照该计算缴纳的增值税乘以税率计算缴纳附加税，所以也就不存在预交的附加税在机构地抵扣税费的问题。
材料发票进项税抵扣，是抵扣增值税税额，不存在抵扣附加税的问题，因为附加税是根据应交增值税税额附加征收的。
