历史原因
就苏联的组成来说，其加盟成员国大致可分为四类，分别是：创始成员国、自俄罗斯分设（即从原来的沙俄帝国的地盘内划设）、外高加索联邦分解后新设，以及二战苏德战争期间占领后新设。波罗的海沿岸三国正属于最后一种。
自俄国发生十月革命，沙皇正府垮台之后，波罗的海沿岸三国就先后恢复（成立）了自己的国家。但二战前后，苏联以各种借口，强行将此三国并入苏联。这自然会招致该三国民众的不满。
经济原因
自从并入苏联之后，由于该三国的经济和工业基础较好，所以在苏联的大框架下，一直都处于“利益输出”的一方（苏联希望做到整体的均衡，所以搞“以富带穷”。这就跟中国国内的某些经济强省，需要经常出人出力，去帮助一些“老少边穷”地区的做法差不多）。这也引起波罗的海三国的不满（有的人甚至提出“苏联将该三国当成了它的‘摇钱树’）。
沙俄是武力征服（弱小的民族），而苏联是强行吞并，这两者没有实质性的区别。再加上长期的“利益亏损”，作为原本是独立的一方（波罗的海沿岸三国）来说，自然是不能接受的。由此而产生对苏联的反感，实属正常。
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