看你的表述，实际与账面差异主要是当初注资不实造成的（中介注资后转走），但账面没有处理。两种办法：1）继续挂账，同时用备查账登记一下实际情况，作为提醒。这样的好处是不会引起工商的麻烦（被怀疑抽逃注册资金）；坏处是账实严重不符，审计不能通过。2）将差额计入其他应收款，然后用后续股东们的投入逐渐核销。这样的好处与不足与第1）点正好相反。
