区别一：生物类型的不同
1、细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物，细菌全部是由单个细胞构成。
2、真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
区别二：细胞结构不同
1、细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，细菌只有核糖体一种细胞器。
2、真菌细胞壁的主要成分是几丁质，真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
区别三：增殖方式不同
1、细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂。
2、真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
参考资料来源：百度百科—细菌
参考资料来源：百度百科—真菌
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