单证没有齐全部分留以后齐全了再办理退税。如果所有已退税，那么就没有差额。
增值税纳税申报表主表中的第7栏“免、抵、退办法出口销售额”和免抵退税申报汇总表中的第6栏“免抵退出口货物劳务计税金额”的数据是不同的，两者统计口径不同。
①《国家税务总局关于<出口货物劳务增值税和消费税管理办法>有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第12号）第2条第7项规定：出口企业或其他单位出口并按会计规定做销售的货物，须在做销售的次月进行增值税纳税申报。所以增值税纳税申报表主表中的第7栏“免、抵、退办法出口销售额”是企业会计记账的出口销售额，包含当期单证信息不齐全的出口销售额。
②根据《国家税务总局关于调整出口退（免）税申报办法的公告》（国家税务总局公告2013年第61号）规定：出口企业必须单证信息齐全后才能进行免、抵、退税正式申报。所以免抵退税申报汇总表中的第4栏“免抵退出口货物劳务销售额”是单证信息齐全的出口销售额。
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