冯云山广东花县禾乐地人，与洪秀全的家乡官禄为邻村，相距约三里。他约生于公元1815年（清嘉庆二十年），出生在一个家道殷实的家庭。父亲叫冯绍衔，母亲胡氏。他诵读经史，博览百家，学得一套中国旧文化的知识。他不愿过剥削阶级的生活，去当一名农村蒙馆塾师。
冯云山和洪秀全居同里，年相近，从小同学，后来又同做蒙馆塾师，他们志气十分相投。公元1843年（清道光二十三年），洪秀全创立拜上帝教，冯云山和他共同密图革命。冯云山一向与贫苦农民接触，使他同情广大农民的困苦，并产生对现实社会的不满和憎恨，到鸦片战争后，又看到清朝的腐朽和民众普遍反清，于是离开原来的阶级，走上起义的道路。
公元1844年（清道光二十四年）二月，洪秀全离本乡外出活动，冯云山和他同去。后来天情道理书记道：“南王籍录广东，家道殷实，前随天王遨游天下，宣传真道，援救天下兄弟姐妹，日侍天王左右，历山河之险阻，赏风雨之艰难，去国离乡，抛妻弃子，数年之间，仆仆风尘，几经劳瘁，……历尽难辛，坚耐到底”。这一段话，概括了冯云山离开原来的阶级，抛弃家庭，走上了革命道路的历史。
当时随洪秀全去的还有冯瑞嵩、冯瑞珍两人。他们到了粤北连山厅白虎墟，洪秀全打算自己深入八排瑶山地区，分发冯云山、冯瑞嵩、冯瑞珍三人回家。冯瑞嵩、冯瑞珍怕跋涉辛苦，愿意回家。冯云山却坚持要紧跟着洪秀全。
这年四月，冯云山和洪秀全在八排瑶山向瑶人进行宣传之后，到广西浔州府贵县赐谷村洪秀全的表兄黄盛均家。他们在那里做了三个多月宣传活动，洪秀全因见表兄家穷，难以久住下去，决定回广东，叫冯云山先回。
冯云山却心有不甘，所以他在赐谷村别了洪秀全到浔州府城后就留下来，要寻找在广西继续活动下去的门路。他在那里遇到一个朋友叫做张永绣的，同住一个多月，闻说桂平县北有一座紫荆山，是一个山深地僻，人入不知处的山区。他听了，认为那里正是他秘密活动的好地方，决定前去。
到紫荆山去要经过新墟。新墟是桂平县北区一个大市集。从新墟向北行，有一个小村落叫古林社，再深入，才是紫荆山口。冯云山先到新墟，他站在牛行，等人来雇。等了半天，看看要散墟了，还得不到雇主，他就跟趁墟人到古林社，向一家姓张的路店投宿。第二天，借一个竹篮，去拾牛粪过活。后来渐渐有人雇他做短工。他有时挑泥挖土，有时割禾打谷。第二年，到紫荆山高坑冲张家做雇工。有一天，他到监生曾槐英家去帮割禾。那是一个大热天，冯云山担禾回来，他放下担子，揩了额上汗珠，一阵阵南风吹来，他一时高兴，不觉迎风高歌道：“南风之薰兮，可以解吾民之愠兮；南风之时兮，可以阜吾民之财兮。”曾槐英正睡在南窗下的竹榻上乘凉，听了十分诧异，他问冯云山道：“你读过书吗？因何来此做雇工？”冯云山回答说：“曾读书应试，在敝乡教蒙馆为生。久慕紫荆山奇水秀，想来观光，只因人地生疏，不做雇工，便无缘前来。”两人就在门前倾谈。冯云山经史烂熟，言谈风生让曾槐英很是敬重，尊为客人。这年冬天，他把冯云山推荐到大冲曾玉珍家去做塾师。
在紫荆山区里面，有一座叫做平在山，正是烧炭人们散居的地方。当年的炭窑，还有成百成千留存下来烧炭为生的人们，长年在深山中，斫木烧炭，食不充饥，衣不蔽体。他利用着在曾玉珍家做塾师作为掩蔽，教了书，就到他们那里去谈天。他向他们问饥问寒，热情地帮助他们解决困难。同时，利用宗教的说法，向他们宣传，阎罗、菩萨都是妖精，帮助地主害穷人，惟有上帝爱护穷人。上帝是独一真神，人人都是上帝所生所养，大家都是兄弟姐妹，应该同拜上帝。拜了上帝，人人有衣有食，无灾无难。他很熟练地在披着宗教外衣的里面慢慢地灌输着一些简单的概念和政治意识，使他们对现存的制度发生憎恨。于是把他们组织起来，在平在山创立起拜上帝会革命组织。
平在山这一群烧炭者，就是太平天国革命运动的骨干，后来太平天国称他们为“平在山勋旧”。冯云山独自一人，进入深山去，把他们发动和组织起来，给太平天国革命奠下了坚实的群众基础。
冯云山在向群众进行宣传时，就向他们宣传洪秀全奉天诛妖的伟大使命，他到平在山组织他们，是受洪秀全派遣前来的。他给洪秀全在群众中树立起救世主的形象，使群众人人都知道他们的救世主洪先生，大家都在企望他们的领袖的到来。
公元1847年（清道光二十七年）七月，洪秀全到了平在山。在短短的三年里，冯云山就开创出这个局面，建立起革命组织，使洪秀全喜出望外。他们每天写宣传小册子传送，不久，附近乡村贫苦农民加入拜上帝会的就有二千多人。于是洪秀全与冯云山、曾氛、曾玉景、曾观澜等写奏章求上帝选择险固所在以作革命根据地。九月，他们去象州捣毁甘王庙，展开宗教斗争。接着，又将紫荆山内左水和右水一带的社坛一律捣毁，向当地农民公开宣传，要大家一体敬拜上帝，反对清朝法律，从宗教斗争导引上政治斗争，把地主阶级吓惊了。
十一月二十一日，住在紫荆山蒙冲石人村地主武宣县秀才王作新起团练来捉获冯云山。在解往官府途中，曾亚孙、卢六带领拜上帝会兄弟在路上夺回。十二月十二日，王作新再起团练把洪秀全、冯云山、卢六、曾玉珍都捉了，解交大湟江司。大湟江司巡检王基留下洪秀全、曾玉珍来勒取贿赂，把冯云山、卢六解去桂平县，下了监狱。王作新以结盟聚会数千人，不从清朝法律的罪状赴桂平县控告冯云山。
在清朝法律里，这是谋反罪状，列在十恶大罪之首的，不但本人要被处极刑，家属还要连坐。可是，冯云山自觉无所畏惧。他在监狱里，不愿把光阴虚度。他见夏历气朔交争，岁年错乱，四季失位，算数繁琐，对人民应用很不方便，早有改革的念头。于是他就潜心研究历法，创造一种以四季划分一年、用立春为岁首、具有合于自然规律、算数简单整齐、接近理想标准的新历法—天历出来。
在冯云山被捕以前，清 *** 早已十分腐朽了。从朝廷上的皇帝、大学士、军机大臣，以至各省的总督、巡抚、面对着全国到处散布起义种子的革命形势，无力予以扑灭，他们都希望偷安旦夕，粉饰升平，怕闻革命案件。州县官望风承旨，讳匿不报，遂成惯例。时桂平知县王烈见王作新以谋反大逆控告冯云山，正触上官大讳，不敢过问。但他却不肯放松冯云山，因为这一个大题目，正是这班如虎如狼的贪官污吏们勒索人民的大好借口，不满他们的贪壑，是决不放手的。
平在山烧炭农民们虽然都是饥寒交迫，但是，他们要救他们的领导同志，大家甘愿全家忍受更大的饥寒，每卖出一百斤炭就抽出一部分的炭钱积贮起来，叫做“科炭”，来救冯云山。果然集腋成裘，筹得了一笔大款，向浔州府和桂平县的贪官污吏们进行了贿赂。时卢六已经在狱中瘐死了。到公元1848年（清道光二十八年）五月间，署桂平知县贾柱才以冯云山教人敬天，是动人为善，“并无为匪不法情事”，把他作为无业游民，派两个差役押解回广东花县，交原籍地方官管束。
冯云山在路上，把拜上帝免灾得福济世救人的道理感动了两个差役。两人不但愿意即时释放冯云山，而且愿抛弃差事跟随冯云山到紫荆山加入拜上帝会。
平在山兄弟们再见冯云山，欢呼庆祝。从此拜上帝会的发展更加迅速。到公元1850年（清道光三十年）十二月就在金田起义。
公元1851年（清咸丰元年/太平天国辛开元年）二月，洪秀全在武宣东乡称天王，立幼主，封军师，建立太平天国。授冯云山为前导副军师。太平天国采取以主（天王）和军师构成的政体，君主为最高元首，临朝不理政，政务由军师负责。形成了这种把农民民主主义和君主制独特地结合在一起的政权。拜上帝会密谋起义时，洪秀全称天父第二子，冯云山称天父第三子，杨秀清称天父第四子，韦昌辉称天父第五子，杨宣娇称天父第六女，杨宣娇丈夫萧朝贵称为“帝婿”，石达开称天父第七子。太平天国称呼制度，尊者为兄，卑者为弟。现存天兄圣旨，从戊申年九月间萧朝贵假托天兄下凡直到庚戌年正月天兄下凡所有说到冯云山、杨秀清、萧朝贵的地方，都把冯云山名列杨、萧上。从这个排班来看，那时是以冯云山坐第二把交椅的。再从李秀成自述原稿所说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”的群众公认来论，冯云山也是应该第二把交椅的。只因到决定起义时，杨秀清、萧朝贵要夺取起义领导权，要夺取军师的权位，由萧朝贵假托天兄下凡，用天兄的意旨命令洪秀全、冯云山去“避吉”（太平天国讳凶为吉，避吉就是躲藏），把他们甩在一边。军师权位遂为杨、萧所夺。冯云山的副军师只是一个虚衔，实权都在杨、萧手。太平天国初起义时，清朝就调精兵到广西来要把太平军困死在紫荆山区内。而冯云山在起义前照周礼司马法制定太平军目，金田团营，就照军目编制，所以到作战时，才得收“进退分合有步伍”的功效。他又根据当前具体情况，参以古兵法进行战斗，敌人说他“其营皆散处，战亦散布”，每作战，“初则寂无人声，既而少出，又继而大至”，“且看清一步，方走进一步”。冯云山作战要旨，在于争取主动性和灵活性，先立于不败之地，故能致人而不致于人，使敌人惊骇地叫起来，说什么“凶悍诡诈，久历戎行者不独未见，并所未闻”。公元1851年（清咸丰元年/太平天国辛开元年）八月十六夜就在桂平新墟打破敌人的封锁，从山区冲出平原来。二十日，在平南县官村把清朝广西提督向荣率领的追兵全军击溃，于是进克永安州，取得了起义后第一个城市。
太平天国在永安州封五王，封冯云山为南王，所有官制、礼制都由冯云山制定。又在这里向全国发出讨伐清朝的吊民伐罪的檄文，也都由冯云山主裁。壬子二年正月元旦，太平天国颁行冯云山创造的天历。这是中国行阳历之始，也是世界用四季历法的首创。
壬子二年四月，太平军从桂林北出，太平天国这个被史家评为“其忠勇才德与智谋器度实为太平天国之第一人”的开创者，在经过全州城时中炮，牺牲。
太平天国《醒世文》说他：“南翼军师为辅佐，前导开国扶圣君，克取省郡如反掌，开疆拓土功劳深。”
太平天国《天情道理书》中说：“南王籍录广东，家道殷实，前随天王遨游天下，宣传真道，援救天下兄弟姐妹，日侍天王左右，历山河之险阻，尝风雨之艰难，去国离乡，抛妻弃子，数年之间，仆仆风尘，几经劳瘁……历尽艰辛，坚耐到底。”
太平天国忠王李秀成《李秀成自述》：“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也。”
时任广州都统乌兰泰在上折中说，南王是“凶悍诡诈，久历戎行中不独未见并所未闻也”。
得知南王冯云山殉难，天王洪秀全大哭道“天不欲我定天下耶，何夺我良辅之速也”。
谢介鹤在《金陵甲癸纪事略》中曾称冯云山为“奇才”。
晚清·罗尔纲：“冯云山由于从小奋志学习，对政治、军事、典章制度，以至天文、历法无不精通。他尤善于观察当前形势，进行了解和研究，随机应变，从而把那些死的知识变为活的东西，来给革命服务。群众对他的惊人功绩，叹为：‘如此奇才，向非天生，何以至此’！”
父亲叫冯绍衔，母亲胡氏。冯云山不仅有两个儿子，还有一个女儿。冯云山在去广西之前住在禾落地，生下七个子女，但长大的只有三个：一个叫瑞科，一个叫瑞明（他没有后代），还有一个女儿叫冯僧。冯云山的妻及其长子瑞明（癸方）死于广州。冯云山之次子冯瑞科（天养），曾逃亡在外，但后来回到家里，至今仍有后裔，关于他到南京当了幼南王并死于南京之说有待考证。堂兄冯亚树逃到香港，住在美国传教士罗孝全家里，1853年，罗孝全得知太平军定都天京，小刀会占据上海，就带他取道上海，准备送去天京，但被清军水师和美国领事堵住，冯亚树不久病死。
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