连续自交，后代中杂合体的比例越来越少，可以很简单的获得纯合个体。 当植物是雌雄同花的类型时，自交是植物育种获得纯种的简单方法。
自交的性状分离不好确定基因型，尤其是纯与杂多种基因在一起时，测交的使用纯合子，基因型可以根据后代性状的表现型及数量比例来确定
