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由于机关事业单位和企业实行不同的退休养老制度，待遇计发办法和调整机制不同，资金渠道不同，待遇差距问题越来越突出，到2006年底，全国平均水平机关事业单位退休人员高出企业2倍多，随着津补贴改革的到位，待遇差距还将进一步扩大。
企业具有高级职称的退休人员赶不上机关事业单位普通工人的退休金，社会反应强烈，不利于社会稳定。
近期，劳动和社会保障部、人事部、财政部对将正式向国务院常务会议提交事业单位养老保险制度改革方案，待讨论通过后在山西、上海、浙江、广东、重庆5省市先期开展试点。
机关事业单位职工不缴费，待遇水平高，企业职工缴费，待遇水平低，不利于事业单位自身改革和吸引人才到企业工作，影响到人员流动。一些自收自支事业单位由于生产经营困难，其退休人员养老金不能保证正常发放。
到2006年底，全国共有参保人员1910万人，其中，工作人员1513万人，离退休人员397万人。从试点情况看，由于待遇与缴费不挂钩，计发办法没有改变，仍按机关事业单位的办法计发待遇，导致退休审批、基金管理与待遇计发责权分离等新问题。
近年来，为配合事业单位总体改革的进程，由中央编办牵头，劳动和社会保障部、人事部、财政部对事业单位养老保险制度改革问题提出了事业单位养老保险制度改革的基本思路：
一是机事企分开。由于各地区各部门对机关养老保险制度改革的认识尚不一致，需要进一步研究论证。对事业单位改革已基本取得一致意见，可以先行改革。
二是与事业单位分类改革配套进行。现有承担行政职能的事业单位执行机关公务员的养老保险制度，从事生产经营活动的事业单位执行企业的养老保险制度，分类改革后保留的事业单位单独制定事业单位的养老保险制度。
三是离退休分开。事业单位离休人员维持现有的经费保障机制和管理体制；退休人员纳入新建立的事业单位养老保险制度。
四是老中新分开。老人老办法，新人新办法，中人逐步过渡，保持待遇水平平稳衔接。
五是统筹考虑机关、事业和企业退休人员的基本养老金待遇水平，并适时调整。
事业单位养老保险制度方案，主要是实行单位和个人缴费制度，缴费水平、基本养老金计发办法与企业制度完全一致，基金单独管理，个人账户逐步做实。对新老计发办法差额部分，由单独建立的职业年金来弥补，保证新退休人员待遇水平不降低。
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