2001年辖1个街道、16个镇，321个村委会、117个居委会：城北街道、昌平镇、兴寿镇、马池口镇、沙河镇、流村镇、阳坊镇、回龙观镇、长陵镇、东小口镇、北七家镇、南邵镇、崔村镇、小汤山镇、百善镇、十三陵镇、南口镇。
2002年，昌平区辖1个街道、3个地区、13个镇：城北街道、南口地区、马池口地区、沙河地区；昌平镇、阳坊镇、回龙观镇、小汤山镇、南邵镇、崔村镇、百善镇、东小口镇、北七家镇、兴寿镇、长陵镇、流村镇、十三陵镇。 2005年，昌平区辖2个街道（城北街道、城南街道）、5个地区（南口地区、马池口地区、沙河地区、回龙观地区、东小口地区）、15个镇（南口镇、马池口镇、流村镇、阳坊镇、十三陵镇、长陵镇、南邵镇、崔村镇、兴寿镇、小汤山镇、百善镇、沙河镇、回龙观镇、东小口镇、北七家镇），共有95个社区、305个村委会。
2012年12月31日，东小口地区正式“一分为四”，天通苑北、天通苑南和霍营三个街道办事处正式挂牌成立。
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