首先,他批判孔子,提出不以孔子的是非为是非。2000多年来,孔子一直被统治者们视为圣人、偶像,并被当作神灵崇拜,而李贽却提出要破除对孔子的迷信,不能以孔子的是非为是非的大胆命题。他说:“前三代,吾无论矣;后三代,汉祖唐宋是也。中间千百余年,而独无是非者,岂其人无非哉?成以孔子之是非为是非,故未尝有是非耳。”他还说,那些尊孔的人实际上并不知道孔子有什么可尊敬的,不过如“矮子观场随人说研,和声而已”,犹如“前犬吠形,亦随而吠之,若问以吠声之故?只好哑然自然也已”。