农家生态旅游中水体的污染源主要是生活污水。生活污水中存在大量有机污染物，造成水体浑浊、观赏功能降低、生态系统破坏等恶果，具体防治方法有：
（1）认真贯彻执行相关法律法规，如《水污染防治法》、《景观娱乐用水水质标准》、《水污染物排放许可证暂行办法》、《河道管理条例》等。
（2）农家生态旅游地不进行工业项目建设，并严格控制周边地区的工业建设项目，杜绝工业污染源，要采取有效措施防止高消耗和高污染生产向农村转移。
（3）控制水土、有机质流失和农田污染，大力推广有机农业和生态农业，推进科学化施用化肥和农药，降低化肥和农药的使用量，积极采取措施防止农村环境污染，尤其是防治畜禽养殖业的污染，发展高效、无污染的绿色肥料和有机肥料，推广高效、低毒和低残留化学农药，发展和推广生物农药，保证食物供给的环境安全。
（4）完善排污系统，从“面上”控制水体污染。在农家生态旅游示范点建设污水治理工程，不仅可以缓解农家生态旅游区出现的水体污染问题，而且能为广大农村在改善水体环境方面树立样板。农家生态旅游区应在现有农田灌溉体系的基础上，借鉴城市排水系统的经验，推进灌溉系统和污水系统分流改造工程。对污水进行集中处理，监测达标后再并入农村灌溉系统，这样才能保障农家生态旅游区游客、经营者和当地村民的用水安全，也才能保证这些区域的农产品真正达到“无公害”、“绿色”、“有机”标准。
（5）推广生物治理工程，对农户排水进行处理。由于乡村聚落分布较散，不可能对各个农家生活污水进行收集集中处理，所以应该针对各家各户（尤其是农家生态旅游的经营者）展开“洁源”的治理工作，建议农家经营者建设污水沉降池，通过物理作用净化生活用水；在沉降池中可以栽种对氮、磷等具有较强吸收作用的湿生植物；而这些植物又可以用于家畜的喂养，建立起一个小型的庭院循环经济生态系统。
（6）加强环境宣传教育，提醒旅游者不可将垃圾、纸屑等丢入溪流、河水、水渠、井水等水体中。
（7）开展水上游乐项目的农家生态旅游地，水上游乐船只应以非机动船为主，尽量不使用动力船。各种水上游乐项目的展开，应以不污染水体为前提。
（8）加强水源涵养林的建设，改善林分结构，不断提高其水源涵养能力。
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