首先你得确认FPGA输出是否与你设想的完全吻合，电平持续时间是否满足要求，我用的也是A模式与FPGA通信，不过用了一个外部中断来处理。
你要确认，你的FPGA的所编写的通时序是否符合STM32中的FSMC模式，这个很关键。我猜想你应该是向FPGA的一个寄存器写入与读出进行比对？ 这个只要你时序跟地址译码没有问题是不会出现你那种情况的。。。。
查找相关使用手册，重新设置 参数
如图
时序，要保证你的时序是正确的，这些可以通过示波器把你的新号拉出来测试一下，看看是不是你想要的时序，当时序出现偏差是往往会出现你的问题。
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