福建省第二人民医院的科室设置

医院拥有一批特色鲜明，疗效显著的重点专科与学科，脾胃科、肾病科、肛肠科、神志病科、预防保健科、护理学为国家级重点专科（专病）或在建项目，心衰专病、脑病科、呼吸科、妇产科为省级重点专科（专病），中医骨伤病学专业是福建省“211”工程唯一的中医临床重点学科；体检中心，血液净化科、中医皮肤科居福建省领先水平。泌尿、神经外科、乳腺、甲状腺、眼耳鼻咽喉、断指再植、老年医学、医学美容、介入及超声等专业优势明显。福建中医药研究院临床医学研究所、福建中医药大学针灸研究所、福建中西医结合研究院肿瘤研究所、福建中西医结合研究院白内障近视研究所挂靠我院，并附设有正清司法鉴定所（亲子鉴定）。独创疑难杂症的中医辨证会诊平台，荟聚名中医智慧，为患者排忧解难。
福建中医药研究院临床研究所、福建中医学院针灸研究所、福建正清司法鉴定所等研究所和研究机构挂靠我院。建有两个国家中医药科研二级实验室、一个中心实验室、一个干细胞实验室。近年来承担卫生部、科技厅等大量科研课题，在国家、省级以上专业刊物发表的论文及获得的国家、省部级等科研成果奖的数量名列全省中医系统前列。开展包含DNA测序、干细胞、指纹图谱的科研实验。
福建中医学院第二临床医学院下设13个临床教研室、2个博士学位授权点和6个硕士学位授权点，每年还招收培养博士和硕士学位研究生40名。