统一内外资企业所得税
1、工资薪金支出税前扣除
现行税则对内资企业的工资薪金支出扣除实行计税工资制度，对外资企业实行据实扣除制度，这是造成内、外资企业税负不均的重要原因之一。实施条例的规定统一了企业的工资薪金支出税前扣除政策，有利于构建公平的市场竞争环境。
在职工福利费和工会经费方面，实施条例继续维持了以前的扣除标准，但将“计税工资总额”调整为“工资薪金总额”，扣除额也就相应提高了。在职工教育经费方面，为鼓励企业加强职工教育投入，实施条例规定，除国务院财税主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5％的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
2、农林牧渔业有税收优惠
谷物等项目可免所得税
为扶持农、林、牧、渔业发展，企业所得税法对其实行税收优惠，该法第二十七条规定，企业从事农、林、牧、渔业项目的所得可以免征、减征企业所得税。实施条例进行了明细。
企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；农作物新品种的选育；中药材的种植；林木的培育和种植；牲畜、家禽的饲养；林产品的采集；灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；远洋捕捞。
企业从事下列项目的所得，减半征收企业所得税：花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；海水养殖、内陆养殖。
3、引导企业投资基础设施
环保项目“三免三减半”
为引导企业投资基础设施和环境保护项目，企业所得税法对相关项目实行税收优惠政策。
企业从事港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目投资经营所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，给予“三免三减半”的优惠。企业从事公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，给予“三免三减半”的优惠。
4、促进技术创新科技进步
税收优惠涉及多个方面
为了促进技术创新和科技进步，企业所得税法规定了多个方面的税收优惠，实施条例分别作了具体规定：
一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
企业所得税法第三十条规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。实施条例据此明确，企业的上述研究开发费用在据实扣除的基础上，再加计扣除50％。
认定高新技术企业强化研发
优惠向自主创新型企业倾斜
企业所得税法规定，符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。
借鉴国际通行做法，按照便于征管的原则，实施条例规定了小型微利企业的标准：（一）工业企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过100人，资产总额不超过3000万元；（二）其他企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。与现行优惠政策（内资企业年应纳税所得额3万元以下的减按18%的税率征税，3万元至10万元的减按27%的税率征税）相比，优惠范围扩大，优惠力度有较大幅度提高。
实施条例将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品（服务）应属于“国家重点支持的高新技术领域”的范围。同时，实施条例还在高新技术企业的认定上强化以研发比例为核心，以确保税收优惠重点向自主创新型企业倾斜。