蛋白质分子的一级结构是由共价键形成的，如肽键和二硫键都属于共价键。
氢键是维持蛋白质二级结构结构如α-螺旋，β-折叠等构象的作用力。疏水键是多肽链上疏水性较强的氨基酸的非极性侧链避开水相粘附聚集在一起，形成的孔穴，对维持蛋白质的三级结构起重要作用。盐键是由蛋白质中正负电荷的侧链基团互相接近，通过静电吸引而形成的作用力，范德华力是分子间的吸引力这些次级键在维持蛋白质三四结构的构象上起着重要作用。
总之，蛋白质分子的一级结构是由共价键形成，而维持蛋白质的空间构象的稳定性的是次级键。次级键是非共价键，属于次级键的有氢键，盐键，疏水键或称疏水力，范德华力等。
次级键虽然弱，但是却是最稳定的存在。当构象微小改变，蛋白质分子作为一个系统讲过会自动的恢复到最稳定状态。比如说一个面积很大的小凹面，中间放一个玻璃珠，此时重力在凹面上的分力微乎其微，但是当你将玻璃珠从最稳定的最低点移开时，它将自动恢复到最低点。
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