个人觉得，只要你把档案放在生源地的人事局（或其下属的人才市场），并且签了人事代理协议的话，就可以开始计算工龄了，不会有影响的。
至于党组织关系，你可以转回生源地，你这种情况，最好是把党组织关系跟人事档案一起放在当地的人事局（一般是其下属的人才市场或者人才交流中心），一般有提供人事代理服务的这些地方都可以提供党组织关系挂靠的。
如果是人事档案想放在温州的话，你要去了解一下在温州办理人事代理的条件和程序是什么，一般来说，会要求你是在当地已经落实了单位，并且已经签订了三方协议（或者其他形式的就业协议等等，这个可能不同的地方有不同的要求，你要去了解清楚），然后再去办理的，另外，你的报到证是已经开到生源地的，所以还要回学校办理改派手续，把你的报到证开到温州的人才交流中心，党组织关系也同上，一般有人事代理的地方都可以提供党组织关系挂靠，跟你的人事档案放在一起就可以了。
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