当然有理由扣减，总价合同是以施工图范围内的全部内容作为总价基础的。施工图载明的施工内容，实际未作的都可以扣减。至于投标漏项是投标人自己的失误。
完全有理由扣掉，因为总价合同包括了施工图纸范围内的所有内容的价格，按你所说的情况，属于承包商自己的责任，属于承包商应承担的风险，审计时可以认为你已经把报价分摊到其它项目之中了。
既然是总价合同，而且变化较大，建议尊重合同才经得起推敲：
以合同总价为基础进行增减，当然按实计算工程量是少不了的。在合同总价内，哪些工程量减少了，列在一块作合同内减少工程；哪些工程量增加了，列在一块作合同外增加。
尽管和单价合同审核总价差异不大，但是如果作单价合同进行审核，其过程没依据支持。
研究生1976
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