违章建筑与核发营业执照是两个法律关系。违章建筑是多外部门管理的，包括规划、城建、土地和房管部门，但营业执照的核发是工商机关，工商机关作为企业或其他组织（包括私营企业、个体户等）登记机关，所进行的是形式审查，只要成立的公司或其他类型的企业、个体户有经营场所，就可以核发相应的营业执照，至于该公司或其他类型的企业所在经营场所是不是违章建筑，工商行政机关是不具体审查的。
看情况而定，有些情况不违法。
违法啊
